1998年，我所首批进入中国科学院知识创新工程试点单位序列，成为院“西北资源环境与可持续发展研究基地”组成部分。1999年，根据国务院文件，我所参与共建“西北农林科技大学”。2001年，中国科学院与教育部以中国科学院批准的水保所知识创新工程试点方案为基础，联合共建水土保持与生态环境研究中心。文件中明确规定“中心”由中国科学院和教育部共建共管，作为知识创新工程试点单位，继续纳入中国科学院研究机构序列。“中心”主任经中国科学院商教育部后由中国科学院任命，具体管理办法参照中国科学院所长负责制有关条例实施；“中心”的知识创新工程试点及相关科研工作以中国科学院管理为主；“中心”在创新目标、管理模式、运行机制、创新队伍、配套措施、分配制度等方面继续执行中国科学院知识创新工程有关政策；知识创新工程试点经费由中国科学院直接划拨给“中心”，财务单列、专款专用。

　　2001年7月，经院长办公会议批准，我所进入二期知识创新阶段。

　　经过两期创新试点，我们的学科目标更加明确，创新队伍的素质不断提高，基础设施更加完善，取得了一批具有重要影响的科技成果，确立了在国家水土保持科技方面的中心地位，发挥了在水土保持科技发展方面的引领作用，超额完成了知识创新试点二期的任务，为进入跨越创新、持续发展奠定了良好的基础。

　　2005年11月16日，中国科学院副院长李家洋率领由院资环局、人教局、高技术局、生物局、综合计划局、基础局、战略规划局、基建局、评估中心等局、处领导及西安分院相关领导组成的15人的知识创新工程现场考核评估组，对我所进入知识创新工程三期的相关工作进行了现场考核评估。